中科信软GROMACS分子动力学仿真培训课程，GROMACS分子动力学 

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培训大纲

主题

培训内容


GROMACS基础

1. 1 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理游刃有余

2. 1.1 基本假设

3. 1.2 主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法

4. 1.3 积分步长的选取

5. 1.4 温度和压力控制

6. 1.5 周期性边界条件

7. 1.6 分子动力学模拟流程


GROMACS入门操作

1. 2 GROMACS入门操作基础

2. 2.1 Linux命令入门基础——熟练掌握GROMACS所用的Linux命令

3. 2.2 GROMACS的win版linux版编译安装——学会编译方法，针对自己体系编译软件

4. 2.3 GROMACS涉及的各种输入输出文件参数介绍

5. 2.4 GROMACS力场介绍——深度探究力场具体形式，为以后创建自己体系做准备OPLS为例，力场的各种参数说明

6. 3 GROMACS建模——掌握基本操作流程——使学员具有扎实的技术基础

7. 3.1 Packmol，GaussView，vmd等建模软件的使用

8. 3.2 建立各种体系模型
混合模型、界面模型、球体模型等

9. 3.3 小分子各种力场TOP文件的建立，x2top, prodrg, ATB,itp, top的结构以及参数说明

10. 3.4 建立均相、多相体系

11. 3.5 如何修改力场参数

如果您想学习本课程，请预约报名
如果没找到合适的课程或有特殊培训需求，请订制培训
除培训外，同时提供相关技术咨询与技术支持服务，有需求请发需求表到邮箱lucy@info-soft.cn,或致电4007991916

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